Líneas dedicadas al aislamiento, selección, caracterización molecular, resistencia a fagos, metagenómica y la aplicación directa de cultivos vivos tanto en alimentos como en otros sustratos.

• Selección de fermentos autóctonos: Fermentos primarios y adjuntos de bacterias lácticas para quesería. Selección y caracterización de microorganismos autóctonos aislados de matrices lácteas (leche, suero fermento, quesos). Formulación de medios de cultivo económicos. Tratamientos de atenuación de cultivos para su uso en quesería.
• Caracterización biológica de bacterias: Caracterización tecnológica y funcional de bacterias lácticas y probióticas. Estudios moleculares.
• Desarrollo de probióticos: Desarrollo y/o caracterización de cultivos probióticos a partir de aislamientos microbianos autóctonos.
• Estudio y control de fagos (bacteriófagos):
- Estudio sobre fagos de bacterias lácticas y probióticas. Diseño de estrategias para controlar/disminuir el riesgo de infecciones fágicas en la industria láctea fermentativa. Selección y empleo de mutantes fagorresistentes. Estudio de sistemas CRISPR-Cas.
- Estudio de fagos de bacterias patógenas.
• Metagenómica y ecología microbiana: Estudio por metagenómica de comunidades complejas (microbiota intestinal humana, de animales, de leche materna, de alimentos fermentados).
• Cultivos para aplicaciones específicas (Panadería y Agro):
- Desarrollo de cultivos lácticos para ensilados.
- Desarrollo de cultivos lácticos para masa madre. Aplicación en productos de panadería con y sin gluten.
• Aislamiento vegetal: Aislamiento y caracterización de bacterias lácticas a partir de sustratos vegetales y alimentos fermentados artesanales.